भाकृअनुप-सीएआरआई, इज्जतनगर ने आईएलआरआई के सहयोग से भारत के रेड जंगलफाउल का डी नोवो क्रोमोसोम-स्केल जीनोम असेंबली किया तैयार

पक्षी जीनोमिक्स, स्वदेशी कुक्कुट संरक्षण और आनुवंशिक संसाधनों के लक्षण-निर्धारण की दिशा में एक महत्वपूर्ण प्रगति के तहत, भाकृअनुप–केन्द्रीय पक्षी अनुसंधान संस्थान, इज्जतनगर के वैज्ञानिकों ने अंतरराष्ट्रीय पशुधन अनुसंधान संस्थान के सहयोग से भारत के रेड जंगलफाउल (Gallus gallus murghi) का डी नोवो क्रोमोसोम-स्केल जीनोम असेंबली सफलतापूर्वक तैयार किया है।

अध्ययन में लगभग 1.12 Gb का प्लैटिनम-गुणवत्ता वाला जीनोम असेंबली सफलतापूर्वक तैयार किया गया, जिसमें 99.2% जीनोम पूर्णता हासिल की गई और मुर्गी के जीनोम के सभी 40 क्रोमोसोम शामिल किए गए। क्रोमोसोम-स्तरीय असेंबली में 38 ऑटोसोम शामिल हैं, जिनमें 9 मैक्रोक्रोमोसोम, 19 माइक्रोक्रोमोसोम और 10 डॉट क्रोमोसोम, साथ ही Z और W लिंग क्रोमोसोम शामिल हैं। असेंबली में कॉन्टिग N50 36.55 Mb और स्कैफोल्ड N50 91.4 Mb के साथ असाधारण निरंतरता और पूर्णता प्रदर्शित हुई, जो जीनोम की उच्च गुणवत्ता और क्रोमोसोम-स्केल निरंतरता को दर्शाती है।

ICAR-CARI, Izatnagar in Collaboration with ILRI Reports De Novo Chromosome-Scale Genome Assembly of India’s Red Junglefowl

भारतीय आरजेएफ का क्रोमोसोम-स्केल प्लैटिनम जीनोम असेंबली इस पूर्वज कुक्कुट प्रजाति की आनुवंशिक विविधता और विकासवादी इतिहास को समझने के लिए एक महत्वपूर्ण जीनोमिक संदर्भ प्रदान करता है। यह आरजेएफ की शुद्धता और जीन मिश्रण के जीनोमिक संकेतकों की पहचान में भी सहायता करेगा, जिससे आरजेएफ के संरक्षण को मजबूत किया जा सकेगा।

पूरा डेटासेट NCBI BioProject ID PRJNA1301553 के तहत जमा और जारी किया गया है। Iso-Seq ट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रमण में स्प्लाइस्ड अलाइनमेंट से 97.97% की समग्र मैपिंग दर प्राप्त हुई, जिसमें 644,869 रीड्स में से 631,795 रीड्स सफलतापूर्वक मैप किए गए, जबकि aves_odb10 के विरुद्ध BUSCO विश्लेषण ने 91.5% ट्रांसक्रिप्टोमिक पूर्णता की पुष्टि की।

StringTie संदर्भ जीन मॉडल ने SQANTI3 का उपयोग करके 593,622 लोकी में आइसोफॉर्म के लक्षण-निर्धारण में सहायता की, जबकि CPAT, CPC2 और RNAsamba का उपयोग करके किए गए सर्वसम्मत फिल्टरिंग ने 234,683 संभावित lncRNAs की पहचान की। प्रोटीन-कोडिंग ट्रांसक्रिप्ट्स का GO, KEGG और COG श्रेणियों में eggNOG-mapper का उपयोग करके कार्यात्मक एनोटेशन किया गया।

इसके अतिरिक्त, RepeatModeler और RepeatMasker का उपयोग करके डी नोवो रिपीट डिस्कवरी ने जीनोम के 15.57% (166.8 Mb) हिस्से की पहचान की और उसे सॉफ्ट-मास्क किया, जिससे आगे के ट्रांसक्रिप्टोमिक और कार्यात्मक जीनोमिक विश्लेषणों के लिए एक मजबूत आधार उपलब्ध हुआ।

(स्रोत: भाकृअनुप–केन्द्रीय पक्षी अनुसंधान संस्थान, इज्जतनगर)