मैंग्रोव इकोसिस्टम डायनामिक, हाइपोक्सिक तथा सलाइन-वेरिएबल एनवायरनमेंट हैं, जिन्हें रहने वाली स्पीशीज़ से कॉम्प्लेक्स अडैप्टिव स्ट्रेटेजी की जरूरत होती है। गेलोइना कोक्सन्स जैसे बाइवाल्व सेडिमेंट को स्टेबल करते हैं, न्यूट्रिएंट्स को पुनर्चक्रण करते हैं और स्थानीय मत्स्यपालन को सपोर्ट करते हैं। पर्यावरणीय एवं आर्थिक महत्व के बावजूद, इस प्रजाति के लिए जीनोमिक संसाधन की कमी है, जिससे अडैप्टेशन, स्ट्रेस टॉलरेंस और इम्यून रेगुलेशन पर रिसर्च में रुकावट आ रही है। डी नोवो ट्रांसक्रिप्टोमिक्स ऐसे नॉन-मॉडल ऑर्गेनिज़्म में मॉलिक्यूलर मैकेनिज्म को समझने का एक असरदार तरीका देता है। यहाँ, हम मैंग्रोव क्लैम गेलोइना कोक्सन्स के पहले डी नोवो ट्रांसक्रिप्टोम की रिपोर्ट कर रहे हैं, जो इकोलॉजिकली एक महत्वपूर्ण एस्टुअरी मोलस्क है।
कुल 324 मिलियन इलुमिना पेयर्ड-एंड रीड्स जेनरेट किया गया, जिससे 534,707 ट्रांसक्रिप्ट बने जिन्हें 166,515 कोडिंग-रिच सीक्वेंस में रिफाइन किया गया। ओआरएफ एनालिसिस से 44.16% पूरे ओआरएफ दिखे। कई डेटाबेस के खिलाफ एनोटेशन से 34,067 बीएलएएसटी हिट्स, 116,639 जीओ टर्म्स मिले, और 10,314 रिएक्टोम तथा 439 केइजीजी पाथवे मैप किया गया। फंक्शनल कैटेगरी में इम्यून डिफेंस, ऑक्सीडेटिव स्ट्रेस, बायोमिनरलाइजेशन, और कैंसर से जुड़े पाथवे, जिनमें “कैंसर में पाथवे” तथा “कैल्शियम सिग्नलिंग” शामिल हैं, जो इस हावी थे। जी. कोक्सन्स ट्रांसक्रिप्टोम मैंग्रोव से जुड़े स्ट्रेस से निपटने के लिए एक बड़ा मॉलिक्यूलर टूलकिट दिखाता है। इम्यून और ऑक्सीडेटिव स्ट्रेस पाथवे का बढ़ना माइक्रोबियल और पर्यावरणीय चुनौतियों के लगातार संपर्क को दिखाता है।
कैंसर से जुड़े पाथवे का पता लगाना कंजर्व्ड सेलुलर रेगुलेशन मैकेनिज्म को रेखांकित करता है, जिससे गेलोइना इनवर्टेब्रेट्स में नियोप्लासिया की जांच के लिए एक प्रॉमिसिंग मॉडल बन जाता है। इकोलॉजी के अलावा, एंटीमाइक्रोबियल पेप्टाइड्स और स्ट्रेस बायोमार्कर्स के लिए कैंडिडेट जीन्स की जलजीव पालन और बायोमेडिसिन में ट्रांसलेशनल वैल्यू हो सकती है। यह स्टडी मैंग्रोव क्लेम जीनोमिक्स के लिए एक बुनियादी रेफरेंस बनाती है, जिससे एडेप्टेशन, आबादी की हेल्थ मॉनिटरिंग तथा बायोएक्टिव डिस्कवरी हेतु भविष्य की स्टडीज़ हो सकेंगी।
(सोर्स: भाकृअनुप-केन्द्रीय समुद्री मत्स्य पालन अनुसंधान संस्थान, कोच्चि)
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