सूअरों की देशी और विदेशी नस्लों का जीनोम अनुक्रमण हुआ पूरा

9 अक्टूबर, 2023, गुवाहाटी

सूअरों की दो स्वदेशी नस्लों, अर्थात घुंघरू (INDIA_PIG_2100_GHOONGROO_09001) और माली (INDIA_PIG_1900_MALI_09009) की संपूर्ण जीनोम अनुक्रमण तथा असेंबली को गुणसूत्र स्तर तक सफलतापूर्वक पूरा किया गया। स्वदेशी नस्लों के साथ-साथ, सूअरों की दो विदेशी नस्लों (हैम्पशायर तथा लार्ज व्हाइट यॉर्कशायर, एलडब्ल्यूवाई) का गुणसूत्र स्तर तक जीनोम अनुक्रमण के लिए स्केफोल्ड-स्तर की असेंबली ही केवल उपलब्ध थी, उसको भी पूरा कर लिया गया। जीनोम का औसत आकार लगभग 2.55 जीबी है और इसमें विभिन्न सूअर जीनोम के बीच मामूली अंतर के साथ लगभग 40% दोहराव वाले तत्व शामिल हैं। जीनोम में दोहराए गए तत्वों का विश्लेषण वर्ग रेट्रोट्रांसपोज़न (लंबे अंतराल वाले परमाणु तत्व (LINEs, 17.3%) छोटे अंतरित परमाणु तत्व (SINEs, 3.3%) और लंबे टर्मिनल दोहराने वाले तत्व (LTRs, 6.8%) के बीच वितरण को दर्शाता है। पोर्सिन जीनोम विदेशी जानवरों में 4100 की तुलना में स्वदेशी सुअर नस्लों में 1580 सामान्य एकल न्यूक्लियोटाइड विविधताओं के साथ लगभग 25000 जीन शामिल हैं। इस तरह संदर्भ असेंबली Sscrofa11.1 के साथ घुंघरू, हैम्पशायर, माली और एलडब्ल्यूवाई जीनोम की जीनोम-स्तरीय तुलना के माध्यम से वेरिएंट के विभिन्न वर्गों की पहचान की गई थी। विश्लेषण से चार नस्लों के जीनोम में 100800 से अधिक संरचनात्मक वेरिएंट का पता चला, जिसमें 46687 विलोपन, 352 दोहराव और 53825 सम्मिलन शामिल हैं। स्वदेशी माली और घुंघरू जीनोम में पहचाने गए हीट शॉक प्रोटीन जीन के अनूठे वेरिएंट स्वदेशी जानवरों की अनुकूलनशीलता में अंतर्दृष्टि प्रदान करते हैं। एकत्रित जीनोम, पोर्सिन जीनोम को और अधिक समझने और कार्यात्मक जीनोमिक्स में अनुप्रयोग को बढ़ावा देने के लिए एक संसाधन के रूप में काम करेगा। अनुसंधान कार्य भाकृअनुप-राष्ट्रीय सुअर अनुसंधान केन्द्र, रानी, गुवाहाटी में किया गया था।

(स्रोत: भाकृअनुप-राष्ट्रीय सुअर अनुसंधान केन्द्र, रानी, गुवाहाटी)